Deux journalistes, Pierre Verbeeren et Thomas Lemaigre, alors journalistes au statut précaire, ont lancé le journal Alter Echos en février 1997.

L'objectif de départ était de répondre, avec les professionnels du social, à la question : "Comment faire pour garantir aux personnes en situation précaire l'exercice de leurs droits économiques et sociaux, quand celles-ci n'ont plus d'emploi ?"

Le journal a donc commencé à décortiquer les enjeux des secteurs de l'emploi, de la formation, de l'aide sociale, et du logement. Conçu comme un outil d'information, il permet de décoder l'actualité des 15 derniers jours (voir aussi la ligne rédactionnelle d'Alter Echos) tant sur le plan politique que sur le terrain.

Depuis 1997, la rédaction s'est agrandie elle compte aujourd'hui 6 journalistes fixes et une dizaine de correspondants.

Depuis 2007 et pour au moins jusque fin 2011, l'Agence Alter est reconnue par la Communauté Française au titre du décret de 2003 sur l'Education permanente.